色々検索してみたら下記の仕様が原因っぽい……。
Google Bookmarksの出力方法の変更 (Kanasansoft Web Lab.)
Google検索で表示件数の変更と表示開始位置の変更は次のようにして行なう。例えば、101件目から50件表示する場合、URLに「&num =50&start=100」と追加する事で可能だ。では、Googleブックマークではどうだろうか。結論から言えば可能であった。ただ、制限がある。表示件数は下限が5件、上限が1000件であった。これ以下、またはこれ以上の件数を指定すると、この範囲内に丸め込まれてしまう。
自分のブックマーク数を集計してみたら1006件だったので間違いはなさそう。
最近どれもこれもガンガン追加しまくっていたので整理すれば対処できそうだけど、上限が1000程度だとそのうちまた超えそうで怖い。