多分、google側の仕様変更なんでしょうけど、GMarksメニューバーの「オンラインで管理」を選択してもgoogleのトップページに飛ばされるようになってしまいました。
というわけで、
componentsns/IGMarksCom_google.js
の
14行目
return "https://google.com/bookmarks";
↓
return "https://www.google.com/bookmarks";
と書き換えればおk。
ちなみに、0.9.9から1.0のバージョンアップで1000件バグは解消されたぽいです。
追記:変更前、変更後が逆だったので修正。